feat: 初始化MedResearcher项目
- 添加项目配置文件（pyproject.toml） - 添加Python版本配置（.python-version） - 添加项目文档（README.md, CLAUDE.md） - 添加Git配置（.gitignore）
This commit is contained in:
commit
8213ae9a55
11
.gitignore
vendored
Normal file
11
.gitignore
vendored
Normal file
@ -0,0 +1,11 @@
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# Python-generated files
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__pycache__/
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*.py[oc]
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build/
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dist/
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wheels/
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*.egg-info
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# Virtual environments
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.venv
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.claude
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1
.python-version
Normal file
1
.python-version
Normal file
@ -0,0 +1 @@
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3.13
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283
CLAUDE-temp.md
Normal file
283
CLAUDE-temp.md
Normal file
@ -0,0 +1,283 @@
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# AI指导规范构建任务 - 深度分析
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## 任务理解
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用户希望为MedResearcher项目构建一套完整的AI协作指导规范，核心思想是"充分讨论后再修改"，以避免代码难以维护。
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## 核心设计理念
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1. **讨论优先**：任何修改前必须充分讨论，达成共识
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2. **上下文明确**：不仅指出需要什么，更要具体到哪个文件的哪个函数
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3. **渐进式实施**：通过子任务分解，逐步完成复杂需求
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4. **可追溯性**：所有决策和修改都有明确记录
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## 详细工作流程设计
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### 阶段1：需求理解与记录（必须执行）
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**触发条件**：用户提出任何代码修改需求
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**具体步骤**：
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1. **立即**在CLAUDE-temp.md中撰写：
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## 任务理解
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原始需求：[用户的原话]
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我的理解：[用我的话重述一遍]
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## 收集的上下文
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### 相关文件和函数
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- `papers_crawler.py::line_45-67::fetch_papers()` - 当前的爬取实现
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- `config.py::line_12-15::RETRY_CONFIG` - 现有重试配置
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### 现有代码分析
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[贴出关键代码片段并分析]
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### 潜在影响
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- 影响文件：papers_crawler.py, test_crawler.py
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- 影响功能：论文爬取的稳定性
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- 风险评估：可能影响爬取速度
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## 任务复杂度判断
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- [ ] 单一功能修改，影响1-2个函数 → 简单任务
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- [x] 需要修改3个以上函数或添加新模块 → 复杂任务
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2. **等待用户反馈**：
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- "理解正确" → 继续阶段2
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- "理解有偏差" → 修正理解，重新记录
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- "补充需求" → 更新CLAUDE-temp.md
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### 阶段2：任务规划（根据复杂度差异化）
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**简单任务处理**：
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- **判断标准**：
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- 修改不超过2个函数
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- 不需要新建文件
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- 逻辑改动在50行以内
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- **严格要求**：绝对不允许拆分子任务
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- **直接输出**：一个完整的执行计划
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**复杂任务处理**：
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- **判断标准**：
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- 修改3个以上函数
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- 需要新建模块或文件
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- 涉及多个功能模块交互
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- **拆分原则**：
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- 必须拆分为3-5个子任务（不能少于3个，不能多于5个）
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- 每个子任务可独立验证
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- 子任务之间有清晰的依赖关系
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- **拆分示例**：
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子任务1：创建重试机制基础设施
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子任务2：集成重试机制到爬虫
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子任务3：添加重试相关配置
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子任务4：更新错误处理逻辑
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子任务5：添加重试日志记录
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### 阶段3：计划确认与正式化（用户确认后执行）
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**创建CLAUDE-plan.md，严格按照以下格式**：
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#### 简单任务格式：
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## 任务：[具体任务名称]
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创建时间：2025-08-22 10:30
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### 目标
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[30-50字描述要实现的功能，必须具体且可验证]
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### 所需上下文
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- `papers_crawler.py::45-67行::fetch_papers()` - 需要添加异常处理
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- `papers_crawler.py::120-135行::parse_response()` - 需要理解返回格式
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- `config.py::全文` - 了解现有配置结构
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### 拟修改内容
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1. 修改 `papers_crawler.py::fetch_papers()` 第50-55行 - 添加try-except块
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2. 修改 `papers_crawler.py::fetch_papers()` 第65行 - 添加重试逻辑
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3. 修改 `config.py` 末尾 - 添加RETRY_TIMES常量
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### 测试指令
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```bash
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# 主功能测试
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uv run papers_crawler.py --keyword "machine learning" --limit 5
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# 异常情况测试（模拟网络错误）
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uv run papers_crawler.py --test-mode --simulate-error
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```
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### 验收标准
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- [ ] 正常爬取功能不受影响
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- [ ] 网络异常时能正确重试
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- [ ] 日志正确记录重试次数
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```
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#### 复杂任务格式：
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```markdown
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|
## 任务：[具体任务名称]
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创建时间：2025-08-22 10:30
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### 总体目标
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[50-100字描述整体要实现的功能]
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### 子任务分解
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#### 子任务1：[名称]
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**目标**：[20-30字描述]
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**所需上下文**：
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- `papers_crawler.py::45-67行::fetch_papers()` - 理解当前实现
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- `utils/__init__.py::全文` - 确认工具模块结构
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**拟修改内容**：
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- 新建 `utils/retry.py` - 创建RetryDecorator类
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- 修改 `utils/__init__.py` - 导出retry装饰器
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**测试指令**：
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```bash
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# 单元测试
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python -c "from utils.retry import retry; print('导入成功')"
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```
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#### 子任务2：[名称]
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[格式同上]
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### 整体验收标准
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- [ ] 所有子任务独立测试通过
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- [ ] 集成测试：完整流程测试通过
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- [ ] 性能测试：重试不影响正常爬取速度
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### 阶段4：实施与验证（严格按计划执行）
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**执行要求**：
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1. **开始前确认**：
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- 再次阅读CLAUDE-plan.md
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- 确认所有依赖文件存在
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- 确认测试环境就绪
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2. **执行中记录**：
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- 在CLAUDE-activeContext.md实时更新进度
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- 遇到计划外情况立即停止并讨论
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3. **完成后验证**：
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- 运行所有测试指令
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- 检查验收标准
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- 记录任何偏差或问题
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## Memory Bank系统设计
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### 文件结构
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/docs/
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├── CLAUDE-temp.md # 临时讨论和分析
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├── CLAUDE-plan.md # 当前任务的正式计划
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├── CLAUDE-activeContext.md # 会话状态和进度跟踪
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├── CLAUDE-patterns.md # 项目代码模式记录
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├── CLAUDE-decisions.md # 重要决策和理由记录
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├── CLAUDE-troubleshooting.md # 问题和解决方案库
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└── CLAUDE-config-variables.md # 配置变量参考
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### 使用原则
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1. **docs/CLAUDE-temp.md**：
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- 每次新任务开始时清空或归档
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- 用于快速记录和思考
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- 不需要结构化
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2. **docs/CLAUDE-plan.md**：
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- 结构化的任务计划
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- 用户确认后才写入
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- 作为实施的指导文档
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3. **docs/CLAUDE-activeContext.md**：
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- 记录当前进度
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- 标记已完成/进行中/待完成
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- 会话恢复时的参考
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### Memory Bank更新机制
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**使用专门的SubAgent管理**：
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Task: memory-bank-updater
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Description: "更新Memory Bank文件"
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Prompt: "任务已完成，请更新以下Memory Bank文件：
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1. CLAUDE-activeContext.md - 标记任务完成，记录最终状态
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2. CLAUDE-patterns.md - 如有新的代码模式，记录下来
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3. CLAUDE-decisions.md - 记录本次任务的关键决策
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4. CLAUDE-troubleshooting.md - 如遇到问题，记录解决方案
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5. CLAUDE-config-variables.md - 如有新配置，更新文档
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具体完成内容：[任务摘要]
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遇到的问题：[如有]
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采用的解决方案：[如有]"
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**调用时机**：
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- 每个任务完成后必须调用
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- 遇到重要决策时调用
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- 发现新的最佳实践时调用
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## 工具使用优化原则
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### 1. 批量操作原则
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**场景**：需要读取多个文件或执行多个独立搜索时
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**做法**：
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```python
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# 同时执行多个工具调用
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parallel_calls = [
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Read("papers_crawler.py"),
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Read("pdf_parser.py"),
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Grep("retry", "*.py"),
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LS("./utils/")
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]
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```
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**禁止**：顺序执行可并行的操作
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### 2. 上下文管理策略
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**主上下文保留**：
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- 用户对话
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- 关键决策点
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- 当前任务计划
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**委托给subagent**：
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- 大规模代码搜索："搜索所有使用requests库的地方"
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- 代码模式分析："分析项目中的错误处理模式"
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- 依赖关系梳理："找出papers_crawler.py的所有依赖"
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**subagent使用示例**：
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```
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Task: code-searcher
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Prompt: "在整个项目中搜索所有异常处理相关的代码，
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重点关注papers_crawler.py和pdf_parser.py，
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总结当前的错误处理模式和改进建议"
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### 3. 文件操作最佳实践
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**读取顺序**：
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1. 先读CLAUDE-activeContext.md（如果存在）了解当前状态
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2. 读取主文件了解整体结构
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3. 读取相关依赖文件
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**修改原则**：
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- 优先使用Edit而非Write
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- 使用MultiEdit处理同文件多处修改
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- 新文件创建需明确理由
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## 与现有编程规范的协同
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### 层次关系
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1. **编程规范**（已在CLAUDE.md中定义）：
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- 定义"怎么写代码"
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- 包括：命名、注释、代码风格等
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2. **AI指导规范**（本规范）：
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- 定义"怎么理解和修改代码"
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- 包括：工作流程、沟通方式、工具使用等
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### 执行优先级
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1. 遵守编程规范的硬性要求（如单次修改限制）
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2. 按AI指导流程进行任务
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3. 发生冲突时，编程规范优先
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## 规范更新机制
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- 每次遇到新的最佳实践，记录到CLAUDE-patterns.md
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- 定期回顾CLAUDE-troubleshooting.md，提炼通用规则
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- 用户可随时提出规范优化建议
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212
CLAUDE.md
Normal file
212
CLAUDE.md
Normal file
@ -0,0 +1,212 @@
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# CLAUDE.md
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This file provides guidance to Claude Code (claude.ai/code) when working with code in this repository.
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## 项目概述
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MedResearcher 是一个给予用户输入的自动实验平台，其会给予用户指定的研究目标，通过mcp访问特定数据集并撰写代码以构建实验。
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## 技术栈
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1. 后端编程语言：Python
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2. python管理器：uv
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3. 爬虫工具：Crawl4AI
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## 各个模块的主文件
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1. 论文爬取主文件: papers_crawler.py
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2. pdf解析主文件: pdf_parser.py
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3. 实验运行主文件: experiment_runner.py
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## 开发注意事项
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### 必须遵循的编程规范
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1. **注释和文档规范**
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- 所有注释使用中文
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- 关键代码逻辑必须添加行内注释
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- 所有函数和类必须添加docstring，说明功能、参数和返回值
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- 复杂算法需要详细说明思路
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2. **命名规范**
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- 变量名、函数名：使用 snake_case
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- 类名：使用 PascalCase
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- 常量：使用 UPPER_SNAKE_CASE
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- 禁止使用中文变量名
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3. **代码修改限制**
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- 单次修改不超过200行代码
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- 单次修改不超过3个文件
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- 严格遵循最小修改原则
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- 绝对不允许修改与指定任务无关的代码
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- 每次修改只针对当前任务的必要部分
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- 优先修改而非新建：能通过修改解决的问题不新建文件
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4. **代码风格规范**
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- 单行代码长度限制：120字符
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- 使用类型提示（type hints）提高代码可读性
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- 导入语句按照：标准库 → 第三方库 → 本地模块 的顺序排列
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5. **错误处理和日志**
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- 必须使用 try-except 进行全面的错误捕获
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- 使用 logging 模块替代 print 进行日志输出
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- 日志级别：开发时使用DEBUG，生产环境使用INFO
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- 绝对不允许填写任何默认值或假设值
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- 出现错误时应抛出明确的异常信息，便于问题排查
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- 宁可程序报错，也不要用默认值掩盖潜在问题
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6. **依赖管理**
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- 优先使用标准库
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- 新增第三方依赖时需在注释中说明用途
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- 使用 uv 管理所有依赖
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7. **资源管理**
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- 文件操作必须使用 with 语句
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- 网络请求设置合理超时（建议30秒）
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- 大文件使用流式处理避免内存溢出
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8. **Git提交规范**
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- commit message 格式：`<类型>: <描述>`
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- 类型包括：feat(新功能)、fix(修复)、refactor(重构)、docs(文档)、test(测试)
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9. **测试规范**
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- 不允许撰写独立的测试用例文件或测试代码
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- 通过直接运行对应的主文件（papers_crawler.py、pdf_parser.py 或 experiment_runner.py）进行功能测试
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- 主文件的 `if __name__ == "__main__":` 块中应包含基本的功能调用示例
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- 函数可以被其他模块调用，不一定要在主文件中直接调用
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- 作为MVP项目，重点关注理想情况下的功能实现，而非鲁棒性
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**修改前验证**：
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```bash
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# 确保现有功能正常
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uv run <主文件>.py --test-mode
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```
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**修改后验证**：
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```bash
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# 功能测试
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uv run <主文件>.py --test-mode
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# 语法检查
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python -m py_compile <修改的文件>.py
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# 如有类型提示，运行类型检查
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mypy <修改的文件>.py --ignore-missing-imports
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```
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### 代码组织原则
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- 新功能优先集成到现有主文件中
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- 只有在功能独立且复杂时才创建新的模块文件
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- 保持代码结构简洁，避免过度模块化
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## uv常用指令
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1. 初始化项目
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```
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uv init
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```
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2. 安装依赖
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```
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uv add <package-name>
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```
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3. 运行项目
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||||||
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```
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uv run <script-name>
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```
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4. 打包项目
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```
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|
uv build
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```
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## AI协作指导规范
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### 核心理念
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- **讨论优先**：任何修改前必须充分讨论，达成共识
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- **上下文明确**：具体到文件、行号和函数名
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- **渐进式实施**：通过子任务分解，逐步完成复杂需求
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- **可追溯性**：所有决策和修改都有明确记录
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### 工作流程
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#### 阶段1：需求理解与记录（必须执行）
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用户提出需求后，立即在`docs/CLAUDE-temp.md`中记录：
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- 原始需求和我的理解
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- 相关文件和函数（具体到行号）
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- 现有代码分析
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- 潜在影响评估
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- 任务复杂度判断（简单/复杂）
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#### 阶段2：任务规划
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**简单任务**（修改≤2个函数，≤50行）：
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- 严禁拆分子任务
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- 直接形成单一执行计划
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**复杂任务**（修改≥3个函数或需新建文件）：
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- 必须拆分为3-5个子任务
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- 每个子任务可独立验证
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- 按依赖关系排序
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#### 阶段3：计划正式化
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用户确认后，在`docs/CLAUDE-plan.md`中记录详细计划：
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- 任务目标（30-50字）
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- 所需上下文（文件::行号::函数名）
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- 拟修改内容（具体到行）
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- 测试指令
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- 验收标准
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#### 阶段4：实施与验证
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- 严格按计划执行
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- 在`docs/CLAUDE-activeContext.md`实时更新进度
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- 遇到计划外情况立即停止并讨论
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- 完成后运行所有测试指令
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### Memory Bank系统
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#### 文件结构
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/docs/
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├── CLAUDE-temp.md # 临时讨论和分析
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├── CLAUDE-plan.md # 当前任务计划
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├── CLAUDE-activeContext.md # 会话状态跟踪
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├── CLAUDE-patterns.md # 代码模式记录
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├── CLAUDE-decisions.md # 决策记录
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├── CLAUDE-troubleshooting.md # 问题解决方案
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└── CLAUDE-config-variables.md # 配置变量参考
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#### 更新机制
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每个任务完成后，使用专门的SubAgent更新Memory Bank， SubAgent为memory-bank-synchronizer：
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Task: memory-bank-synchronizer
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功能: 更新所有Memory Bank文件，记录任务成果、决策和经验
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```
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### 工具使用原则
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1. **批量操作**：多个独立操作必须同时执行
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2. **上下文管理**：
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- 主上下文：用户对话、决策、当前计划
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- SubAgent：大规模搜索、模式分析、依赖梳理
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3. **文件操作**：
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- 优先Edit而非Write
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- 同文件多处修改用MultiEdit
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- 新文件需明确理由
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### TodoWrite工具使用
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**强制使用场景**：
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- 任务包含3个以上步骤
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- 复杂任务的子任务追踪
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- 用户明确要求
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**状态管理**：
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- 同时只能有1个in_progress
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- 完成立即标记completed
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- 遇阻标记pending并说明
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### 与编程规范的关系
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- 编程规范定义"怎么写代码"
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- AI指导规范定义"怎么理解和修改代码"
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- 发生冲突时，编程规范优先
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7
pyproject.toml
Normal file
7
pyproject.toml
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
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[project]
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name = "medresearcher"
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version = "0.1.0"
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description = "Add your description here"
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readme = "README.md"
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requires-python = ">=3.13"
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dependencies = []
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